FQ2BAM

parabricks fq2bamの使い方です。

下のようにジョブスクリプトを記入します。

GPUノードへのジョブの投げ方は https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/Parabricks_パイプラインの使い方 を参考にしてください。

parabricksについては https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/v3.5/index.html を参考にしてください。

fq2bam.sh

#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -cwd



export PATH="/usr/local/package/python/3.6.5/bin":$PATH
source /etc/profile.d/modules.sh

module use /opt/parabricks/modulefiles/
module load parabricks_pipeline/3.2.0.2

pbrun version

pbrun fq2bam --tmp-dir               /work/  \
             --ref                   Ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta \
             --in-fq                 Data/sample_1.fq Data/sample_2.fq  @RG\tID:sample\tLB:dna\tPL:Illumina\tSM:sample\tPU:dna \
             --num-gpus              8 \
             --out-duplicate-metrics sample.metrics \
             --out-bam               output.bam

module load することでparabricks v3.2.0.2を使える状態にします。

module use /opt/parabricks/modulefiles/
module load parabricks_pipeline/3.2.0.2

parabricks のバージョンを出力します。

pbrun version

pbrun fq2bamを実行することでマッピングします。

pbrun fq2bam --tmp-dir               /work/  \
             --ref                   Ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta \
             --in-fq                 Data/sample_1.fq Data/sample_2.fq  @RG\tID:sample\tLB:dna\tPL:Illumina\tSM:sample\tPU:dna \
             --num-gpus              8 \
             --out-duplicate-metrics sample.metrics
             --out-bam               output.bam

オプション

オプション	説明
--tmp-dir	一時データ領域のパスを設定します。
--ref	リファレンスゲノムのパスを設定します。
--in-fq	ペアエンドリードのfastqファイルのパスを設定します。read groupをつけることもできます。
--num-gpus	使うGPU数を設定します。
--out-duplicate-metrics	duplicate metrics fileを出力する先のパスを設定します。
--out-bam	bamファイルを出力する先のパスを設定します。