DNA 解析で出力されるファイルについて

出力結果がそれぞれのフォルダに出力されます。

出力ディレクトリ階層

DNA解析結果

{出力先ディレクトリ}
  └bam/                            ：1) parabricks fq2bam結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.markdup.bam
          └{サンプル名}.markedup.bam.bai

  └mutect/                         ：2) parabricks mutectcaller結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.mutect.vcf
  └deepvariant/                    ：3) parabricks deepvariant結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.deepvariant.vcf

  └cnvkit/                         ：4) parabricks cnvkitとオリジナルのcnvkitの結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}-scatter.png
          └{サンプル名}-diagram.pdf

  └fastqc/                         ：5) fastqcの結果一覧
      └'index.html'

  └qc/
      └CollectMultipleMetrics/     ：6) CollectMultipleMetrics結果
          └{サンプル名}/
              └{サンプル名}.*_metrics
              └{サンプル名}.*.pdf
      └bammetrics/                 ：7) parabricks bammetrics結果
          └{サンプル名}/
              └{サンプル名}.metrics.txt
      └fastqc/                     ：8) fastqc結果
          └fastqc/
              └{サンプル名}
                  └*.html
      └'multiqc_report.html'       ：9) MultiQC結果

  └ITD/                            ：10) ITD Assembler結果
      └{サンプル名}/
          └post_processing/
              └'results_final.txt'

  └gridss/                         ：11) GRIDSS結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.gridss.vcf.gz
          └{サンプル名}.gridss.annotated.vcf
          └{サンプル名}.gridss.simple.bed

  └manta/
      └{解析の種類}/               ：12) Manta結果
          └{サンプル名の組み合わせ}/
              └results/
                  └variants/
                      └'candidateSV.vcf.gz'
                      └'diploidSV.vcf.gz'
                      └'somaticSV.vcf.gz'

  └mutation/                       ：13) GenomonFisher結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.genomon_mutation.result.txt
          └{サンプル名}.genomon_mutation.result.filt.txt

  └sv/                             ：14) GenomonSV結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.genomonSV.result.txt
          └{サンプル名}.genomonSV.result.filt.txt

  └msisensor/                      ：15) MSIsensor-pro結果
      └{サンプル名}/
          └tumor_normal

  └haplotype/                      ：16) parabricks haplotypecaller結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.autosome.g.vcf.gz
          └{サンプル名}.PAR.g.vcf.gz
          └{サンプル名}.chrX_female.g.vcf.gz
          └{サンプル名}.chrX_male.g.vcf.gz
          └{サンプル名}.chrY.g.vcf.gz

  └ngscheckmate/                   ：17) NGSCheckMate結果
          └output_matched.txt

  └facets/                         ：18) FACETS結果
          └{サンプル名}/
              └{サンプル名}.out.png
              └{サンプル名}.out.purity.tsv

  └cnvkit_compare/                 ：19) CNVkit結果
          └{サンプル名}/
              └{サンプル名}-scatter.png
              └{サンプル名}-diagram.pdf
  └mimcall/                        ：20) MIMcall結果
          └result.txt
          └{サンプル名}/
              └{サンプル名}.MIMcall.txt

  └chord/                          ：21) CHORD結果
          └result.tsv
          └{サンプル名}/
              └{サンプル名}.txt

  └virus_count/                    ：22) Virus count結果
          └{サンプル名}/
              └{サンプル名}.virus_count.txt

  └survirus/                       ：23) SurVirus結果
          └{サンプル名}/
              └{ウイルス名}
                  └results.remapped.t1.txt

  └hyperclust/                     ：24) hyperClust結果
          └{サンプル名}/
                  └{サンプル名}_strandClonality_plot.pdf

  └hyperclust/                     ：25) scarHRD結果
          └{サンプル名}/
                  └scarhrd/
                       └{サンプル名}.ascat.scarHRD.result.txt
                       └{サンプル名}.facets.scarHRD.result.txt

  └cgppindel/                      ：26) cgpPindel結果
          └{サンプル名}/
                   └{Tumorサンプル名}_vs_{Normalサンプル名}.vcf.gz
                   └{Tumorサンプル名}_vs_{Normalサンプル名}.pindel.flagged.vcf.gz

  └strelka/                        ：27) parabricks strelkaまたはStrelka2結果
    └{サンプル名の組み合わせ}.strelka_work/
        └results/
              └variants/
                  └'somatic.indels.vcf.gz'
                  └'somatic.snvs.vcf.gz'

  └battenberg/                     ：28) Battenberg結果
          └{サンプル名}/
                  └{サンプル名}_subclones.txt
                  └{サンプル名}_rho_and_psi.txt

  └config/                         ：29) Other
  └log/
  └work/