hypermutationの検出
生成したbamファイルをもとにhypermutationを検出します。
hyperClust
intermutational distanceをオリジナルのデータとランダム化されたデータの2種類からそれぞれ算出した後、
2つのintermutational distanceを比較することでsomatic local hyper-mutationを検出します。
Note
csvのgender
genderでLを設定した場合はcnvkit_compareで予測した性別を使います。
Note
modified
githubに公開されているコードをもとに手元で動くように修正しました。
hyperClustはhg19をもとに開発されているので注意してください。
ファイル名 |
説明 |
|---|---|
{サンプル名}_strandClonality_plot.pdf |
intermutational distanceを比較します。 |
hyperClustについては
を参考にしてください。