RNAパイプライン設定ファイルについて

executor.queueSize = 500
process.executor = 'uge'
process.penv = 'def_slot'
process.errorStrategy = 'retry'
process.maxRetries = 2

params {
    container_bindpath = '/cshare1,/home,/share,/rshare1'
    container_bin = 'singularity'
    container_module_file = 'singularity/3.7.0'
    genome_lib_dir = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/database/RNA/GRCh38_gc_gencode_v37_CTAT_lib_Mar012021/ctat_genome_lib_build_dir/ref_genome.fa.star.idx'
    ref_fa = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/database/GRCh38/Homo_sapiens_assembly38.fasta'

    sleep_time = '10s'

    //fastqc
    fastqc_enable = true
    fastqc_option = '--nogroup'
    per_page = '8'

    //star

    star_option = '--outSAMstrandField intronMotif \
                   --outSAMunmapped Within \
                   --alignMatesGapMax 500000 \
                   --alignIntronMax 500000 \
                   --alignSJstitchMismatchNmax -1 -1 -1 -1 \
                   --outSJfilterDistToOtherSJmin 0 0 0 0 \
                   --outSJfilterOverhangMin 12 12 12 12 \
                   --outSJfilterCountUniqueMin 1 1 1 1 \
                   --outSJfilterCountTotalMin 1 1 1 1 \
                   --chimSegmentMin 12 \
                   --chimJunctionOverhangMin 12 \
                   --chimOutType Junctions \
                   --chimOutJunctionFormat 1 \
                   --readFilesCommand gunzip -c \
                   --runThreadN 8 \
                   --outSAMtype BAM Unsorted'

    //star fusion
    star_fusion_enable = true

    //NGSCheckMate
    ngscheckmate_enable = true
    NCM_mpileup_option = ''
    NCM_bed = '/NGSCheckMate-master/SNP/SNP_GRCh38_hg38_wChr.bed'

    //samtools sort
    expression_analysis_enable = true

    //htseq
    gtf_file = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/database/RNA/GRCh38_gc_gencode_v37_CTAT_lib_Mar012021/ctat_genome_lib_build_dir/ref_annot.gtf'

    //deseq2
    geneset = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/database/RNA/geneset'
    pseudo_count = 'True,1,20'

    //genomon fusion
    genomon_fusion_enable = true
    fusion_refGene_bed = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/genomon_rna_star_fusion_gencode_v37/chr_refGene.bed.gz'
    fusion_ensGene_bed = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/genomon_rna_star_fusion_gencode_v37/chr_ensGene.bed.gz'
    fusion_refExon_bed = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/genomon_rna_star_fusion_gencode_v37/chr_refExon.bed.gz'
    fusion_ensExon_bed = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/genomon_rna_star_fusion_gencode_v37/chr_ensExon.bed.gz'
    fusionfusion_option = "--grc --ens_gene_only --ens_exon_only"
    fusion_utils_filt_option = "--filter_same_gene --grc --ens_gene_only --ens_exon_only"

    //genomon expression
    genomon_expression_enable = true
    expression_refExon_ex_bed = '/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/genomon_rna/chr_refExon_ex.bed.gz'
    genomon_expression_option = "--grc"
}

process  {

    withName: fastqc_check {
    cpus = 1
    maxForks = 500
    clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q   -l s_vmem=7G  '
    }

    withName: make_fastqc_list {
    cpus = 1
    maxForks = 1
    clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q   -l s_vmem=5G  '
    }

    withName: star {
    cpus = 8
    maxForks = 500
    clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q  -l s_vmem=5G'
    }

    withName: star_fusion {
    cpus = 1
    maxForks = 500
    clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q -l s_vmem=16G '
    }

    withName: NCM_pileup {
    cpus = 1
    maxForks = 500
    clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q  -l s_vmem=7G'
    }

    withName: NCM_run {
    cpus = 1
    maxForks = 500
    clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q  -l s_vmem=7G'
    }

    withName: htseq {
    cpus = 1
    maxForks = 500
    clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q  -l s_vmem=16G'
    }

    withName: deseq2 {
    cpus = 1
    maxForks = 500
    clusterOptions = '-S /bin/bash  -q !mjobs_rerun.q -l s_vmem=16G'
    }

    withName: genomon_fusion {
    cpus = 1
    maxForks = 100
    clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q -l s_vmem=10G'
    }

    withName: genomon_expression {
    cpus = 1
    maxForks = 100
    clusterOptions = '-S /bin/bash -q !mjobs_rerun.q -l s_vmem=10G'
    }
}

ジョブで実行するツールの設定

configの設定

項目	説明
container_bindpath	コンテナに設定するbindpath
container_bin	コンテナを実行するためのexeファイル
container_module_file	コンテナを実行するためのexeファイルのmodulefile
genome_lib_dir	genome resource libraryの絶対パスを設定します。
ref_fa	リファレンスファイルのパスを設定します
fastqc_enable	trueの場合fastqcを実行する。
per_page	1ページあたりに載せるfastqcの結果の数
star_option	STARのオプションを設定します。
star_fusion_enable	trueの場合STAR-Fusionを実行します。
ngscheckmate_enable	trueの場合, NGSCheckMateを実行します
NCM_mpileup_option	NGSCheckMateで使うsamtools mpileupのオプションを設定します
NCM_bed	NGSCheckMateで使うsamtools mpileupに設定するbedファイルのパス
expression_analysis_enable	trueの場合発現解析を行います。
gtf_file	アノテーションファイルの絶対パスを設定します。
geneset	発現解析で使うgenesetのあるフォルダの絶対パスを設定します。
pseudo_count	すべてのサンプルのすべての遺伝子のリードカウント数に1を加えます。
genomon_fusion_enable	trueの場合, Genomon Fusionを実行します
fusion_refGene_bed	Genomon Fusionに必要なbedファイルを設定します。
fusion_ensGene_bed	Genomon Fusionに必要なbedファイルを設定します。
fusion_refExon_bed	Genomon Fusionに必要なbedファイルを設定します。
fusion_ensExon_bed	Genomon Fusionに必要なbedファイルを設定します。
fusionfusion_option	fusionfusionのオプションを設定します。
fusion_utils_filt_option	fusion_utilsのオプションを設定します。
genomon_expression_enable	trueの場合, Genomon Expressionを実行します
expression_refExon_ex_bed	Genomon Expressionに必要なbedファイルを設定します
genomon_expression_option	Genomon Expressionのオプションを設定します。

設定を変更するときは「=」の右側の文字を書き換えてください。

例えば

fastqc_enable = true

の場合はtrue

fastqc_enable = false

の場合はfalseを設定したことになります。

pseudo_count はすべてのサンプルのすべての遺伝子のリードカウント数に1を加えます。

例えば

pseudo_count = 'True,1,20'

の場合は1を加えた後、サンプル間での平均が 1 以下の遺伝子とサンプル間での最大カウント数が 20 以下の遺伝子を除去します。

pseudo_count = 'False,1,20'

の場合はリードカウント数に1を加えません。

Note

どの遺伝子も少なくとも1つのサンプルについてカウント数が0の場合、Deseq2は動きません。every gene contains at least one zero, cannot compute log geometric meansというエラーが出力されます。そのエラーを回避するためのオプションです

geneset は発現解析で使うgenesetのあるフォルダの絶対パスを設定します。

例えばcurrent_dir/test.txtがgenesetの絶対パスだとするとファイルには

[username@gc016 ~]$ cat current_dir/test.txt
ABL1,CEBPA,HRAS

のようにカンマ区切りでgene_nameが書かれています。この場合、genesetにはcurrent_dirを設定します。

gtf_file はアノテーションファイルの絶対パスを設定します。