BAMMETRICS

parabricks bammetricsの使い方です。
下のようにジョブスクリプトを記入します。
GPUノードへのジョブの投げ方は https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/Parabricks_パイプラインの使い方 を参考にしてください。
parabricksについては https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/v3.5/index.html を参考にしてください。

bammetrics.sh

#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -cwd



export PATH="/usr/local/package/python/3.6.5/bin":$PATH
source /etc/profile.d/modules.sh

module use /opt/parabricks/modulefiles/
module load parabricks_pipeline/3.2.0.2

pbrun version

pbrun bammetrics  --tmp-dir          /work/  \
                  --ref              Ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta \
                  --bam              input.bam \
                  --out-metrics-file sample_name.metrics.txt

module load することでparabricks v3.2.0.2を使える状態にします。

module use /opt/parabricks/modulefiles/
module load parabricks_pipeline/3.2.0.2

parabricks のバージョンを出力します。

pbrun version

pbrun bammetricsを実行することでクオリティチェックをします。

pbrun bammetrics  --tmp-dir          /work/  \
                  --ref              Ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta \
                  --bam              input.bam \
                  --out-metrics-file sample_name.metrics.txt

オプション
オプション	説明
`--tmp-dir`	一時データ領域のパスを設定します。
`--ref`	リファレンスゲノムのパスを設定します。
`--bam`	bamファイルのパスを設定します。
`--out-metrics-file`	出力するmetricsファイルのパスを設定します。