マッピング

マッピングではリファレンスゲノムのデータ ( GRCh38など ) をもとに

シーケンサーから得られたリードデータ ( fastqファイル ) が

何番染色体のどの位置に該当するかを計算します。

このパイプラインではSTARがマッピングを計算するためのツールになります。

Note

リファレンスゲノム

RNA解析で使っているリファレンスゲノムは

DNA解析と同じ

/home/kks_th/CaGMeJ_git/SRC/v8/database/GRCh38/Homo_sapiens_assembly38.fasta

です。

出力結果はbamファイルとして生成します。

bam ファイルは圧縮ファイルのため

そのままでは見ることができないので、

samtools を使う必要があります。

samtools と less を使うことで見ることができます。( テキストファイルを見る方法 )

[username@gc016 ~]$module use /usr/local/package/modulefiles
[username@gc016 ~]$module load samtools
[username@gc016 ~]$samtools view test.bam | less

samファイルをlessコマンドで見るとマッピングされていることがわかります。( テキストファイルを見る方法 )

samファイルやbamファイルについては https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf を参考にしてください。