RNAサンプル設定ファイルについて

項目は5種類あります．

[fastq]	FASTQファイルを入力として解析します
[bam_import]	BAMファイルを入力として解析します
[expression]	発現解析が実行されます
[fusion]	融合遺伝子の検出が実行されます
[genomon_expression]	発現解析が実行されます
[genomon_fusion]	融合遺伝子の検出が実行されます
[controlpanel]	正常なサンプルのグループを定義します
[tumorpanel]	がんのサンプルのグループを定義します

[fastq]の記載方法

{サンプル名}
{fastqファイル1_1},{fastqファイル1_2},{RG1 (read group情報)}
{fastqファイル2_1},{fastqファイル2_2},{RG2 (read group情報)}
のように分割されたfastqファイルのパスを記入してください。
区切り文字は,(カンマ)でお願いします。
サンプル名は自分で自由に決められます。
他のサンプルのサンプル名と重複しないように注意してください。
fastqファイル1とfastqファイル2にはペアエンドリードのfastqファイルの絶対パスを設定してください。絶対パスは/homeから始まるパスになります。 ( 絶対パスの確認方法 )
RG(read group情報)はSTARで使います。

[fastq]
tumor1
/home/username/tumor10_1.fq,/home/username/tumor10_2.fq,ID:tumor1.flowcel.lane0.barcode\tLB:Library\tPL:ILLUMINA\tSM:tumor1\tPU:flowcel.lane0.barcode\tPM:NOVASEQ\tCN:Takarabio
/home/username/tumor11_1.fq,/home/username/tumor11_2.fq,ID:tumor1.flowcel.lane1.barcode\tLB:Library\tPL:ILLUMINA\tSM:tumor1\tPU:flowcel.lane1.barcode\tPM:NOVASEQ\tCN:Takarabio
tumor2
/home/username/tumor2_1.fq,/home/username/tumor2_2.fq,ID:tumor2.flowcel.lane0.barcode\tLB:Library\tPL:ILLUMINA\tSM:tumor2\tPU:flowcel.lane0.barcode\tPM:NOVASEQ\tCN:Takarabio
normal1
/home/username/normal1_1.fq,/home/username/normal1_2.fq,ID:normal1.flowcel.lane0.barcode\tLB:Library\tPL:ILLUMINA\tSM:normal1\tPU:flowcel.lane0.barcode\tPM:NOVASEQ\tCN:Takarabio
normal2
/home/username/normal2_1.fq,/home/username/normal2_2.fq,ID:normal2.flowcel.lane0.barcode\tLB:Library\tPL:ILLUMINA\tSM:normal2\tPU:flowcel.lane0.barcode\tPM:NOVASEQ\tCN:Takarabio

ここに記入したfastqファイルをマッピングしてbamファイルを出力します。

[bam_import]の記載方法

{サンプル名},{bamファイル1}のように記入してください。
区切り文字は,(カンマ)でお願いします。
サンプル名は自分で自由に決められます。
他のサンプルのサンプル名と重複しないように注意してください。
bamファイルにはbamファイルの絶対パスを設定してください。絶対パスは/homeから始>まるパスになります。 ( 絶対パスの確認方法 )
bamファイルと同じフォルダにChimeric.out.junctionファイルも置いてください。

[bam_import]
tumor,/home/username/tumor.bam
normal,/home/username/normal.bam

[fusion]の記載方法

[fastq]で設定したサンプル名を使って融合遺伝子検出のツールに渡すChimeric.out.junctionファイルを設定します。

[fusion]
tumor1
tumor2

[expression]の記載方法

[tumorpanel]や[controlpanel]で設定したパネル名を使って発現変動遺伝子を検出するツールに渡すグループを設定します。
tumor_group,control_groupのようにカンマ区切りで記載してください。
tumor_groupだけの場合はtumor_group,Noneと記載してください。

[expression]
tumor_group,control_group
tumor_group,None

[genomon_fusion]の記載方法

[fastq]で設定したサンプル名を使ってGenomon Fusionに渡すChimeric.out.samファイルを設定します。

[genomon_fusion]
tumor1
tumor2

[genomon_expression]の記載方法

[fastq]で設定したサンプル名を使ってGenomon Expressionに渡すbamファイルを設定します。

[genomon_expression]
tumor1
tumor2

[tumorpanel]の記載方法

パネル名の右隣にがんのサンプルの名前を複数記載します。
区切り文字は,(カンマ)を使います。
指定するサンプル数に制限はないです。
サンプル名は[fastq]で定義したものを使います。
パネル名は任意で指定できますが，重複することはできません。

[tumorpanel]
tumor_group,tumor1,tumor2

[controlpanel]の記載方法

パネル名の右隣に正常なサンプルの名前を複数記載します。
区切り文字は,(カンマ)を使います。
指定するサンプル数に制限はないです。
サンプル名は[fastq]で定義したものを使います。
パネル名は任意で指定できますが，重複することはできません。

[controlpanel]
normal_group,normal1,normal2