MultiQC

Fastqc, PARABRICKS BAMMETRICS, CollectMultipleMetrics(Picard)の結果を

multiqc_report.htmlファイルとして出力します。

multiqc_report.htmlファイルはhtml ファイルなのでダウンロードしてブラウザで開いてみてください。 ( ファイルのダウンロード方法 )

MultiQCについては https://multiqc.info/ を見てください。

Note

General Statistics

このパイプラインでは以下の点についてMultiQC v1.13.dev0を改変しています。

• PCT_EXC_DUPEの表示(% DUP)

• Median Coverageを非表示にしてMean Coverageを表示

• ID: SD_COVERAGEのColumnをMedian CoverageからSD Coverageに変更

• TOTAL_READSとPF_READS_ALIGNEDの表示