CaGMeJ
3.0.0

Quick Start-Up Guide

  • Quick Start DNA解析
  • Quick Start RNA解析

Workflow

  • DNAのワークフロー
  • RNAのワークフロー

DNA Analysis Documentation

  • マッピング
  • SNVの検出
  • CNVの検出
  • SVの検出
  • MSIの検出
  • HRDの検出
  • Genomon
  • ウイルスの検出
  • hypermutationの検出

RNA Analysis Documentation

  • マッピング
  • 融合遺伝子の検出
  • 発現解析

Quality Control

  • クオリティチェック

Sample Matching

  • サンプルの取り間違いのチェック

File Format

  • CRAM

Users Guide ( DNA )

  • DNAサンプル設定ファイルについて
  • DNAパイプライン設定ファイルについて
  • Genomonパイプライン設定ファイルについて
  • DNA 解析で出力されるファイルについて

Users Guide ( RNA )

  • RNAサンプル設定ファイルについて
  • RNAパイプライン設定ファイルについて
  • RNA 解析で出力されるファイルについて

Report

  • 解析結果確認
  • MultiQC

Parabricks ( DNA )

  • FQ2BAM
  • MUTECT CALLER
  • DEEPVARIANT
  • CNVKIT
  • BAMMETRICS

Prepare Data

  • Annovar Database

Linux

  • Linux の基本操作

Containers

  • コンテナ型仮想化

Version Control

  • バージョン管理

Reference

  • 使われているソフトウェア

Information

  • リリースノート

Contact

  • 開発責任者
CaGMeJ
  • Search


© Copyright 2021, CaGMeJ.

Built with Sphinx using a theme provided by Read the Docs.
Read the Docs v: 3.0.0
Versions
Previous
Latest
Downloads
On Read the Docs
Project Home
Builds